受多種因素影響，我國現(xiàn)行煤炭行業(yè)管理體制與機制依然存在諸多矛盾與問題。這些矛盾與問題的存在，是造成我國煤炭行業(yè)目前面臨的各種突出問題的深層次原因，并嚴重制約著煤炭行業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。當前煤炭行業(yè)所出現(xiàn)的各種問題，有著深刻的體制與機制烙印。 

　　對煤炭在我國能源格局中的主體地位認識不足

　　由于長期以來對我國能源戰(zhàn)略基本定位與煤炭產(chǎn)業(yè)在我國能源格局中的基礎(chǔ)地位缺乏清醒的認識，引起煤炭行業(yè)管理機構(gòu)與其它能源行業(yè)管理機構(gòu)分分合合，煤炭行業(yè)管理機構(gòu)行政級別升升降降，產(chǎn)業(yè)政策時而鼓勵，時而限制。體制與機構(gòu)的頻繁變動，使煤炭行業(yè)總體發(fā)展戰(zhàn)略與管理機制缺乏必要的長期性與穩(wěn)定性，產(chǎn)業(yè)規(guī)模隨著社會經(jīng)濟發(fā)展的現(xiàn)實需求變化被動調(diào)整，許多影響行業(yè)健康發(fā)展的重大問題得不到有效解決。

　　同時，由于缺乏統(tǒng)一規(guī)劃，行業(yè)間改革與發(fā)展嚴重不平衡。1998年撤銷煤炭部后，煤炭行業(yè)就開始大面積實施市場化改革，2001年國家煤炭局撤銷后，煤炭行業(yè)全面按照市場規(guī)律來運行，而與煤炭緊密相關(guān)的電力、鐵路行業(yè)市場化改革明顯滯后，由此，煤炭行業(yè)在煤電、煤運博弈中處于比較劣勢，煤炭價格形成機制長期存在缺陷，損害了煤炭行業(yè)的利益，制約了煤炭行業(yè)的健康發(fā)展。

　　多頭管理造成煤炭行業(yè)管理職能明顯弱化

　　目前，我國煤炭行業(yè)管理是一種低級別的分散管理模式。由于缺乏相對統(tǒng)一與明確的能源與煤炭行業(yè)發(fā)展主導方向為指導，部門間缺乏有效的協(xié)調(diào)機制。統(tǒng)籌協(xié)調(diào)機制不健全及部門本位主義的存在使不同部門出臺的各項管理舉措不能協(xié)調(diào)統(tǒng)一，甚至相互矛盾與抵消。如國土資源部門管理資源的探礦權(quán)和采礦權(quán)設(shè)置與煤炭行業(yè)行政主管部門制定的煤炭開發(fā)規(guī)劃不銜接，運煤通道建設(shè)與煤炭運輸需求不匹配，煤炭資源開發(fā)與環(huán)境生態(tài)保護不適應，煤礦安全監(jiān)察機構(gòu)負責實施國家監(jiān)察的職責與煤炭行業(yè)管理部門負責行業(yè)安全監(jiān)督管理的職責難以劃清等等。

　　煤炭行業(yè)多頭管理還造成煤炭行業(yè)管理職能明顯弱化，產(chǎn)生了許多不良后果。如煤炭產(chǎn)業(yè)總體戰(zhàn)略規(guī)劃制定和政策法規(guī)體系建設(shè)，煤炭資源的統(tǒng)籌開發(fā)和有序利用，生態(tài)環(huán)境恢復治理以及減輕煤炭企業(yè)社會負擔，煤炭與其它能源之間的協(xié)調(diào)供應等一系列涉及煤炭行業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重大問題，因行業(yè)管理職能弱化而遲遲得不到解決與落實。此外，管理部門無法對煤礦關(guān)鍵性技術(shù)和重大裝備的研發(fā)統(tǒng)籌兼顧和宏觀指導，制定出煤炭產(chǎn)業(yè)相關(guān)的技術(shù)發(fā)展規(guī)劃，構(gòu)建相關(guān)的技術(shù)創(chuàng)新保障體系，開展必要的國際技術(shù)交流與合作。

　　缺乏統(tǒng)一、權(quán)威、高效的煤炭綜合管理部門

　　我國煤礦量多面廣，大、中、小煤礦并存，不同類型煤礦條件差異較大，管理任務繁重，而在中央層面沒有一個統(tǒng)一、權(quán)威性強、高效的煤炭綜合管理部門，煤炭宏觀管理體制不健全。目前，國家發(fā)改委能源局煤炭司承擔煤炭行業(yè)管理職能，負責近三萬家大中小煤礦，從業(yè)人員達500萬人的具有能源主體地位的高危行業(yè)的專業(yè)管理，層級低，人員少，難以實現(xiàn)對行業(yè)的有效管理。2006年7月國務院將五項煤炭行業(yè)管理職能劃歸安監(jiān)總局，雖然是為發(fā)揮安監(jiān)總局在煤炭行業(yè)管理方面的內(nèi)在優(yōu)勢，同時也是在煤炭生產(chǎn)安全壓力下強化安全管理效能的一種無奈之舉。另一方面，在當前分散管理，多頭決策的情況下，煤炭行業(yè)專業(yè)管理機構(gòu)難以有效地進行協(xié)調(diào)與整合。面對供求矛盾突出、煤炭資源配置無序、過度競爭與區(qū)域壟斷并存等一系列問題，總體上顯得管理乏術(shù)，協(xié)調(diào)乏力。

　　中央與地方縱向管理體制與權(quán)利關(guān)系有待理順

　　在煤炭部撤銷后，原所屬的各地煤炭工業(yè)局多數(shù)相應撤銷，相應職能也劃歸地方各部門，造成上下統(tǒng)一的完整的垂直管理體系解體。全國27個產(chǎn)煤省雖然也設(shè)置了煤炭行業(yè)管理部門，但情況五花八門。有的為經(jīng)貿(mào)委(經(jīng)委、國資委)內(nèi)設(shè)機構(gòu)管理的二級局或處，有的是在省發(fā)改委內(nèi)設(shè)機構(gòu)管理，也有是在工業(yè)辦公室的。這些煤炭行業(yè)管理部門雖有機構(gòu)，但除少數(shù)省份外，大多數(shù)人員編制不足，經(jīng)費短缺，權(quán)力檔次低，難以實施有效的行業(yè)管理，管理職能大大弱化，使國家有關(guān)資源管理與開發(fā)、產(chǎn)業(yè)發(fā)展、技術(shù)進步、安全管理、環(huán)境保護、企業(yè)重組等多項政策難以全面落實。

　　此外，一些省區(qū)以行政手段推動煤炭產(chǎn)業(yè)全面重組，形成區(qū)域內(nèi)的壟斷，導致優(yōu)勢煤炭企業(yè)市場化的跨地區(qū)兼并重組進展緩慢。從全國范圍看，這種以行政區(qū)劃為單位的煤炭企業(yè)重組不僅不能從根本上提升煤炭產(chǎn)業(yè)集中度，反而會阻礙優(yōu)勢企業(yè)對煤炭資源的整合，形成不公平競爭與惡性競爭。